Bermula dari keresahan warga muslim Bukit Cimanggu Vila Bogor yang kesulitan melakukan shalat berjamaah, pada 1995, dengan seizin pengembang, masyarakat memanfaatkan rumah kosong untuk difungsikan sebagai mushola. Tak lama setelahnya, jamaah membentuk Yayasan Al-Hidayah dan membangun Masjid Al Hidayah hingga berdiri untuk pertama kalinya pada 1997. Seiring jumlah jamaah yang kian meningkat, Masjid Al Hidayah mengalami renovasi/pembangunan ulang. Pembangunan Tahap 1 dimulai Juni 2022/15 Dzulqaidah 1443 H dan Insya Allah rampung bulan Maret 2023/ Sya’ban 1444 H sehingga dapat digunakan untuk kegiatan Ramadhan.
Sejarah berdirinya Masjid Alhidayah ini dituturkan secara lengkap oleh Bapak Muhammad Agus Mulyodono dalam video berikut ini